(三)全面负责创新基金项目实施过程的综合管理，负责创新基金项目的监理验收和定期报告工作;
(二)负责编制创新基金的年度财务决算和工作计划，提出创新基金年度支持的项目建议，具体负责创新基金的运作;
(六)负责科技型中小企业创业投资引导基金的组织与实施;
(一)研究提出创新基金年度支持重点和工作指南;
基金中心职能：
(七)指导地方政府相关部门的创新基金实施工作;
创新基金由科技部主管、财政部监管，通过无偿资助、贷款贴息和资本金投入三种方式，支持科技型中小企业创新创业，已形成了资助种子期、初创期企业的技术创新项目、资助中小企业公共技术服务机构的补助资金项目和引导社会资本投向早期科技型中小企业的创业投资引导基金项目。
(五)委托或者组织有关单位或者机构进行创新基金项目的评估、评审等工作;
(八)科学技术部、财政部需要由管理中心履行的其他职能。
国务院1999年批准设立了科技型中小企业技术创新基金(以下简称创新基金)。创新基金自成立以来，深入贯彻落实创新驱动发展战略，按照加快发展方式转变和经济结构调整的总体部署，紧紧围绕加快培育战略性新兴产业，强化企业技术创新主体地位，以全面提升科技型中小企业技术创新能力为目标，不断优化技术创新创业环境，充分发挥财政资金的引导作用，引导社会资金和其他创新资源支持科技型中小企业发展，取得了很好的成效。
(四)研究提出有关创新基金项目的申请、评估、评审等工作标准，制定创新基金项目的推荐单位、评估机构等中介机构的资格条件;
