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医院医疗技术力量雄厚，目前已开展的颅脑神经外科手术，人工关节置换，脊柱内固定，白内障复明，无痛分娩，肿瘤根治，腹部、宫腔、福建省南平市第二医院，http://www.np2y.com，前列腺微创等手术，心脏血管、肿瘤介入治疗，亚健康筛查，衣原体检查，不育检查，血液透析滤过，血液灌流，腹水浓缩回输，神经内科，心血管内科和血液、内分泌、泌尿、福建省南平市第二医院呼吸内科及糖尿病治疗，老年病专科治疗等一系列先进特色治疗项目均取得较好效果。此外耳鼻喉科还可开展鼓室成型、喉癌根治、功能性颈淋巴结清扫、唇腭裂修复术等10余项 “三级 ”医院水平的手术项目。成立规范化、专业化、一站式服务的健康体检站。
医院专业科室设置齐全，设有内一（心血管、肾内）、内二（神经、内分泌）、内三（呼吸、血液、中毒、风湿及综合内科）、内四（老年病、内分泌、中西医结合）、内五（肿瘤防治）、内六（消化）、外一科（基础外科、肝胆外科）、外二科（神经外科、泌尿外科）、福建省南平市第二医院，http://www.np2y.com，外三科（骨科）、妇科、产科、儿科、耳鼻喉、眼科、口腔、麻醉、急诊科、康复医学科、ICU、血透室及皮肤、肛肠、药剂、放射、检验、病理、健康体检站、内镜、福建省南平市第二医院；超声影像科等20多个临床医技科室。其中耳鼻喉、眼科、妇产、神经内外科、心血管内科、骨科及老年科为特色专科。
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