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医院秉承的办院理念是：办中国一流的儿童医院，为患儿提供快捷、安全、方便、有效的医疗服务，为医院和职工创造持久价值，实现患儿、医院、职工三方共赢。
医院设有儿科研究所，深圳市儿童医院，http://www.szkid.com.cn，有小儿分子生物学等7个实验室，每年承担国家、省市科研项目多项。经过十余年的艰苦奋斗和拼搏创新，目前医院已有1个省级重点医学学科(小儿呼吸专科)， 7个深圳市重点医学专科(小儿血液肿瘤、小儿免疫、小儿呼吸、小儿神经病学专业、新生儿专业、小儿外科、儿童重症医学科)。2011年，深圳市儿童医院医院共获得科研课题36项，其中国家自然科学基金1项，广东省医学科研基金1项，市级34项。全年在国家核心刊物发表论文193篇，其中统计源期刊150篇，SCI 8篇。
医院于1997年11月开院，位于深圳市中心区著名的莲花山公园南面，与深圳市音乐厅、图书馆、青少年宫及市政府为邻。医院占地面积4.3万平方米，建筑面积约6.3万平方米，拥有职工1000多人。日均门、急诊量4000多人次，开放病床600张，年门、急诊量近150万人次，年住院病人3万余人次，年开展手术1万例。设有5个内科病区、5个外科病区、五官病区及重症医学科（含NICU和 PICU），专业设置齐全，涵盖了大型综合儿童医院所有的业务科室。深圳市儿童医院，http://www.szkid.com.cn，医院拥有价值2个亿的先进诊疗设备，包括磁共振、双层螺旋CT、DSA、彩色超声诊断仪、24小时动态脑电图、128H和64H数字化视频脑电图仪、电子胃镜、腹腔镜、体外循环机、婴幼儿肺功能仪、血滤／血透器、化学发光仪、特定蛋白测试仪、流式细胞仪等，还配有先进的层流无菌手术室及早产儿无菌层流室。
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