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菏泽市交通运输局是全市公路、水路交通行业的主管部门，主要职责是制订全市交通发展战略规划，负责全市公路、水路交通的行业管理和客货运输组织管理，协调道路、水路与其它运输方式的衔接，培育和管理交通运输市场和交通基础设施建设市场，负责全市公路、汽车运输站场及港航设施的规划、建设、养护和管理，负责全市道路运输站场、道路旅客运输、货物运输、集装箱运输、车船维修、汽车驾驶学校及驾驶员和船员培训工作的行业管理。
