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新馆采用广州图创计算机软件开发有限公司开发的Interlib图书馆管理系统进行日常工作管理。随着学校规模的不断扩大，本馆在坚持以水产科学文献作为办馆特色之外，还兼顾其它学科，并且十分注重数字文献资源的收藏。目前拥有国内外全文数据库十余个，电子图书数据库二个，读者可以在校园网内免费使用这些数据库。
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上海海洋大学图书馆前身是“吴淞水产学校图书室”，初创于 1912 年。 1952 年成立上海水产学院图书馆。1985 年改名为上海水产大学图书馆。2008年5月6日正式改名为上海海洋大学图书馆。经过几十年的馆藏建设，已成为国内收藏水产科学文献历史最悠久、学科门类最齐全的图书馆之一，并被国内水产界视为水产科学文献的重要信息中心。
