馆内的水槽配置也尽量忠实地再现实际的地理位置关系。此外还有水母展示专区「翩翩起舞水母馆」、举办各种特别展览的「海游馆美术展览室」、「企画展览室」等。
海游馆根据“拥有火山活动的地球和存在地球上的所有生物，彼此相互作用而形成一个生命体”的盖亚假说，以绵延不断地围绕着太平洋的环太平洋火山带，和与其互相重叠似的而连绵千里的环太平洋生命带为主题，用14个大型水槽，分别再现了环绕太平洋的10个地域的自然生态环境。
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