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医院还兼有济南市眼科研究所，拥有 “山东省糖尿病眼病防治中心 ”、 “济南市眼科质量控制中心 ”、 “全国弱视斜视防治中心济南市分中心 ”、 “济南市视力康复中心 ”、 “济南市眼科重点实验室 ”、 “济南市眼库 ”。济南市第二人民医院，http://www.sdjneye.com，医院承担着大量前沿学术研究及课题攻关工作，获科研成果奖五十余项，其中有五项成果获济南市科技进步一等奖。由我院举办的国际眼科新技术研讨会已成为山东省乃至全国知名学术品牌。医院已与美国、德国、加拿大、澳大利亚、荷兰、日本等十余家知名眼科诊疗与科研机构建立了长期协作关系，多次承接由省政府组织的国际奥比斯眼科飞机医院、香港狮子会组织的防盲治盲行动及基层眼科医师培训计划，为受眼病困扰的人群送去了健康和福音。
医院眼科被评为济南市领先专业、济南市第二人民医院山东省医药卫生特色专科（A）级，拥有床位300张，眼科年门诊量150000余人次，年手术量10000多例。分白内障、眼底病、角膜病、青光眼、眼激光、眶肿瘤、眼肌病、眼外伤、泪器病、中医眼科、美容整形十一个专业组和验光复光配镜中心、近视眼激光治疗中心两大中心。
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