2015年开始，根据Seele人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物 “使徒 ”开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。碇真嗣被父亲召回驾驶初号机，并结识绫波丽等人。故事就此开始。
另一方面，联合国属下的秘密组织Seele（德文意思 “灵魂 ”）为了使人类进化，新世纪福音战士官方网站，http://www.gainax.co.jp，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场（绝对不可侵犯领域），使每个人回归LCL之海。
公元2000年8月，葛城考察队到达南极，发现了地下空洞中的巨大人形生命体Adam以及隆基努斯之**。葛城计划进行人类基因与Adam融合的接触实验，但不幸因此唤醒了沉睡中的Adam，葛成调查队拼死使用隆基努斯之**再度封印Adam，但结果失败，最终，葛成调查队人为使Adam的S^2机关暴走（因为葛成调查队全灭，所以详细不明），新世纪福音战士官方网站总算避免了完全的败局 mdash; mdash;也就是A.T力场（A.T.Field）的消失（全部生命重新开始），以及由亚当诞生的生命架构的重新构筑。因为此事，亚当成为了零碎的肉片。
故事融合了相当多的科幻因素和宗教联想，同时涉及大量的心理学，哲学，社会学的研究领域，构成了一个神秘玄妙的世界。细致的角色塑造和画面表现以及打破常规的独特叙事手法和深邃的主题，使其成为不少评论家议论的话题。
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