区教育局设5个内设机构：办公室、人事科、计划财务基建科、基础教育管理科(职业教育科)、体育卫生艺术和法规安全教育科(区学校国防教育办公室)。
内设机构:
贯彻执行党和国家的教育方针、政策和法律、法规，拟定全区教育事业发展规划并指导、协调和组织实施。综合管理全区的基础教育、学前教育、特殊教育、民族教育、职业技术教育和扫除青壮年文盲工作;负责全区各级各类学校教育教学行政管理;组织、协调全区教育体制和办学体制的改革，理顺教育内部和外部的关系;加强全区基础教育工作的统筹管理。大力发展职业教育，协调和推动全区教育经费、教育投入的落实;规划、指导学校师资队伍的建设工作;指导全区学校的德育、体育、艺术、卫生教育工作和国防教育工作;加强民办教育的统筹规划、综合协调和指导管理，规范办学秩序，促进民办教育事业健康发展。
主要职责：
花溪区教育局所属事业单位有花溪区教育培训研究中心、花溪区职业教育培训管理中心(花溪区职业技术学校)、花溪区学生资助管理中心(花溪区招生办公室、花溪区农村中小学教育核算中心)和各中小学幼儿园。
