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近几年，医院取得了较好的成绩，2003年、南昌市第三医院，http://www.ncsyy.com，2004年、2005年上半年，业务收入同比分别递增22。6%、38。8%和12。8%，医院步入了良性发展的轨道，职工凝聚力增强。面对新的挑战和发展机遇，医院拿出了挑战自我的雄略，选择了改革促发展的艰辛之路，力争把医院打造成为老城区的精品医院。
普外科胃癌研究室是与中国医科大学、南昌市第三医院日本爱知县癌中心病院合作的医学团体之一。通过引进和应用日本胃癌理论、先进的胃癌早诊技术、转移淋巴结分型、分期和计量技术，在江西省内较早开展了规范化、标准化的胃癌改良根治术，使胃癌手术切除率上升到95%，胃癌诊治接近国内先进水平。
急诊医学专业学部集院前急救、院内急诊、重症监护、教学、科研、急诊全科医师培训基地为一体，建有毒物、药物分析实验室、中毒控制咨询中心、重症监护室(ICU)。配有国内外先进的抢救设备。2002年实行以内科医师为主体向急诊医学全科医师转变和发展，成为了江西省、南昌市急诊医学专业较为规范的急诊科之一。建有快捷、便利的 “交通肇事、创伤救治绿色生命通道 ”。擅长急性中毒的救治，南昌市第三医院，http://www.ncsyy.com，在药物、毒物的理化分析、定性定量的测定等领域走在江西省领先、全国先进的行列，系南昌市剧毒鼠药中毒救治唯一定点医院。承担了大量的危、急重症病人、各种中毒病人以及南昌市大型突发群体事件的抢救治疗工作。能将国内新技术运用于临床，如：纳络酮在急性酒精中毒、__中毒及其他急性中毒救治中应用的研究、二巯基丙磺酸纳治疗 “毒鼠强 ”中毒等方面取得了良好的疗效，《血液灌流联合血液透析在重症中毒伴多脏器功能不全中应用的研究》通过了鉴定，达到了国内同类治疗的先进水平，填补了省内空白，为重症中毒合并多功能脏器功能障碍患者的救治开拓了一条有效的途径。
医院定位为 “大专科小综合 ”，坚持有所为，有所不为的方针，加强了重点学科的建设，南昌市第三医院；先后成立了 “乳腺疾病专业学部 ”、 “急诊医学专业学部 ”、 “内分泌代谢科 ”、 “血管病变早期检测江西分中心 ”。
秉承浓厚的历史和文化底蕴，南昌市第三医院和她依托的城市一样，在改革中奋进，在创新中升华，在拼搏中崛起，焕发出勃勃生机。医院现已发展成为以乳腺疾病专业学部、急诊医学专业学部为品牌科室，以消化内科、微创腔镜外科、胃癌诊治、急危重新生儿救治、内分泌代谢科为特色专科，集医疗、教学、科研、预防 保健于一体的三级综合性医院。2002年，挂牌江西省首家慈善医院，承担全市部分低保群众的医疗救助任务。先后获得 “南昌市物价信得过单位 ”、 “南昌市卫生工作先进单位 ”、 “南昌市抗击非典先进单位 ”、 “南昌市抗击非典先进基层党组织 ”、 “南昌市卫生系统行业作风建设先进单位 ”、南昌市第三医院，http://www.ncsyy.com！ “江西省群众满意医院 ”等称号。
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