经省政府批准，从2005年起，河大开始试办研究生院。目前，河大拥有一级学科博士点12个、一级学科硕士点42个、各类研究生在读人数从2005年的2958人增加到2011年的9897人，已形成门类齐全、类型多样、结构合理的学位与研究生教育体系。
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2005年年初，在省政府的关怀下，河南大学先后与中国科学院、中国社会科学院签署了合作共建协议。2005年根据河南省人民政府57号文件，试办河南大学研究生院，标志着河南省高等教育整体上了一个新台阶。
