1991年6月25日，斯洛文尼亚共和国宣布独立，亚德里亚航空也因此成为斯洛文尼亚的国家航空公司。当时仍管辖斯洛文尼亚空域的前南斯拉夫民航管理局迅速采取__镇压，对亚德里亚航空实施禁飞3个月。1992年1月底，亚德里亚航空恢复运营。由于原来许多海滨旅游城市已属于其它国家，航权受到限制，亚德里亚航空，http://www.adria.si，亚德里亚航空对其运营结构做出重大调整，将重点由包机转向定期航班。1995年，亚德里亚航空开始与汉莎航空进行代码共享等方面的合作。1996年，公司财政结构重组，转变为半私有化。1998年初，从庞巴迪宇航公司购入两架CRJ-200飞机；1998年末及2000年又增购两架。2002年，庞巴迪宇航公司指定亚德里亚航空为其在欧洲首个授权大型维护中心，为其它航空公司的CRJ飞机提供维护和维修服务。
亚德里亚航空创办于1961年，时称Adria Aviopromet。亚德里亚航空同年，使用4架道格拉斯DC-6B飞机开始经营包机服务。服务范围以南美、非洲、远东等洲际航线为主，服务对象多为欧洲旅行社、斯洛文尼亚移民，以及国际红十字会、联合国等国际组织的工作人员。1968年，与贝尔格莱德的一家贸易集团Interexport结盟并更名为 “伊内克斯-亚德里亚航空 ”（Inex-Adria Airways）。在当时欧洲航空业的竞争背景下，公司购进其首架喷气式飞机道格拉斯DC-9，于1969年投入使用，并__原有的道格拉斯DC-6B。
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