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医院不断改善就医环境，引入现代化管理模式，为患者提供优质高效的医疗服务。1998年开始全面实施 “一人一机一灭菌 ”的口腔专科医院感染控制措施，成为卫生部口腔医院感染控制南方示范单位。2000年在国内口腔专科医院中率先开通 “一卡通医院信息管理系统 ”，应用现代化计算机系统（CIS），实现了预约、挂号、中山大学光华口腔医学院附属口腔医院，http://www.zdkqyy.com，诊疗、处方、收费的网络化管理。2004年建成社区医疗服务示范点口腔医院东院，满足社会需求。2007年荣获广东省首批医保信用等级 “AAA ”级定点医疗机构和 “新农合 ”定点医疗机构。2009年12月，该院入选第16届亚洲运动会定点医院，同时再次被评为广州市医疗保险定点医疗机构信用等级AAA单位。
中山大学附属口腔医院是卫生部部属专科医院。医院设施齐全、技术力量雄厚，拥有口腔综合治疗台375张，住院病床80张，中山大学光华口腔医学院附属口腔医院开设15个临床科室和7个医技科室，日门诊量高达2，000余人次。2009年门诊量达586，595人次，比2008年增长6.4％；全年出院人数1，310人次，比2008年增长11.3％。
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