三元种业拥有“三元绿荷”、“BDCC”、“三元金星”、“南口种鸭”、“中育”、“华都阳光”等多项业内知名品牌，大大增强了三元种业在国际、国内市场的竞争力和影响力。
三元种业建立了国内奶牛行业首家博士后科研工作站、北京市企业技术中心和以畜牧技术研发为主业的畜牧研究院，创建了“EDTM”高产奶牛管理模式和“四要素”集合畜牧业发展模式。在“十五”、北京三元种业科技官网“十一五”、“十二五”期间承担国家及北京市重大科研课题126项，是农业部首家全程实现“质量可追溯”示范企业和全国农垦现代农业示范区，是全国农业第一家通过AAAA级标准化良好认证企业，并已获得中国良好农业规范（GAP）认证。
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北京三元种业科技股份有限公司（以下简称“三元种业”）是北京市农业产业化重点龙头企业和首农集团的基础产业，是以种牛、种鸭、种猪等畜禽良种为核心，集科技研发、现代化养殖、屠宰加工、技术服务为一体的大型畜牧企业集团。三元种业旗下的企业有奶牛中心、绿荷奶牛养殖中心、金星鸭业中心、养猪育种中心、兽医总站、饲料事业部、畜牧研究院和承德三元，并承担着南郊牛奶公司的委托管理职责。
