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医院以创新驱动，实施人才强院、科教兴院战略，走国际化发展之路，建设研究型医院。全院高级职称专家97人，中华口腔医学会各专业委员会副主任委员、常委或委员21人，博士、硕士研究生导师15人，教授、南京大学口腔医学院官网副教授23人，政府特殊津贴专家、有突出贡献中青年专家5人，省333高层次人才、省医学领军人才、医学重点人才和省六大人才高峰人才9人，市中青年行业技术学科带头人和市卫生青年人才工程22人。近三年获国家自然科学基金、省市课题72项，南京大学口腔医学院▲科技奖励20项，其中江苏省科技进步二等奖2项。拥有国家级双语课程1项，江苏省特色品牌专业1项，南京大学精品课程1项。与世界大学联盟口腔/牙科学院成员间保持密切交往与合作，与美国密歇根大学和英国利兹大学口腔医学院签署长期合作协议，成功举办世界大学联盟口腔医学论坛等国际学术会议。
科室设置齐全，技术力量雄厚。拥有国家临床重点专科2个，省级重点学科（专科）4个，省医学创新团队2个，市级重点学科（专科）2个，市医学重点实验室1个。南京大学口腔医学院官网，口腔颌面外科为国家临床重点专科、江苏省医学重点学科、江苏省临床重点专科，技术辐射能力强，所收治的外省市病员占50%。牙体牙髓病科为国家临床重点专科、江苏省临床重点专科、南京市医学重点学科。口腔修复科为江苏省医学创新团队、江苏省临床重点专科建设单位。口腔粘膜病科为江苏省医学创新团队。口腔正畸科为南京市临床重点专科。口腔种植科、牙周病科、儿童口腔科、预防口腔科为特色品牌专科。
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南京大学医学院附属口腔医院暨南京市口腔医院、南京大学口腔医学院，创建于1947年，前身为国民政府中央卫生实验院牙病防治所。新中国成立后，其成为政府重点建设的5所全国中心城市口腔医疗机构之一。经过60余年的发展，已成为一所以临床口腔医学为优势，医疗、教学、科研、预防并重的大型三级甲等口腔医院，医院规模及各项技术指标位居全国口腔医疗机构前列。现为江苏省口腔医学会会长单位，江苏省口腔科医疗质量控制中心主任委员单位，江苏省口腔临床医学继续教育与口腔住院医师规范化培训中心，江苏省口腔执业医师临床技能定点考核机构，江苏省抗癌协会头颈肿瘤外科专委会__单位。
