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在新的发展阶段，学校以科学发展观为指导，秉承 “大医精诚，止于至善 ”的校训精神，进一步更新观念，开拓进取，努力把学校建设成为一所以中医药为主体，多学科协调发展，服务海峡西岸经济区，福建中医药大学，http://www.fjtcm.edu.cn，具有鲜明办学特色的教学研究型中医药大学。
学校拥有两个校区，共占地1014亩，各类建筑总面积30多万平方米，教学科研仪器设备总值1亿多元，纸质、电子图书文献总量280万册。学校各类设施优良，配备了现代化的教学、科研、行政、生活等设施，建设了富有中医药文化气息的人文景观，是一个环境优美、福建中医药大学文化浓郁的校园，被授予 “全国中医药文化建设先进单位 ”荣誉称号，并已连续六次被福建省委、福建省人民政府授予 “文明学校 ”荣誉称号。
学校有1个省部共建教育部重点实验室，8个国家（局级）三级科研实验室，2个省级重点实验室。先后有410项科研成果受到国家和省市的奖励，其中国家级科研成果奖12项。近5年来，学校进一步推进科技创新，加大科研投入，共承担科研课题1355项，其中国家级项目74项，省部级项目300项；获省部级以上奖励46项。2009年以来荣获国家自然科学基金项目61项、省级重大专项2项。
2002年和2007年，学校先后两次在教育部组织的本科教学工作水平评估中获得 “优秀 ”成绩。2010年12月，学校顺利通过了教育部专家组对我校的中医学专业试点认证。目前，学校拥有3门国家级精品课程、2个国家级教学团队、4个国家级特色专业、1门国家级双语教学示范课程、1个国家级人才培养模式创新实验区和1门国家级精品视频公开课。在近两届教学成果评选中获国家级二等奖1项，福建中医药大学，http://www.fjtcm.edu.cn，省级特等奖2项、一、二等奖5项。
学校设有13个学院（部），2个研究院；有中医学、中西医结合等2个博士学位授权一级学科，有14个博士学位授权点，有临床医学、中医学、中西医结合、药学、中药学、护理学等6个硕士学位授权一级学科，有41个硕士学位授权点，有临床医学、中药学等2个硕士专业学位类别；有中医学、七年制中医学、针灸__学、中西医临床医学、临床医学、福建中医药大学；医学影像学、药学、中药学、药物制剂、制药工程、市场营销、护理学、公共事业管理、应用心理学、食品科学与工程、康复治疗学、信息管理与信息系统等34个本科专业及方向。现有全日制在校生1万多人，其中研究生1000多人。
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