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重视科教工作，医教研同步发展。医院设有7个临床教研室，5个专病研究室。建院以来，获国家中医药科学技术进步奖1个，福建省政府科技进步奖3个，福建省卫生厅医药卫生科技成果奖等7个，泉州市人民政府科学科技进步奖25个。泉州市中医院，http://www.qzzyy.com.cn，2002年7月，成为福建中医学院临床医学研究生教学医院以来，累计招收硕士研究生53 人。
内科系统建立了CCU病房，配备日本心电起博除颤监护仪、美国多参数监护仪、HP mdash;43120A除颤监护仪、美国双联腹透系统、德国费森尤斯血透仪、血滤机、德国EVITA mdash;Ⅱ全自动呼吸机、活动平板心电图仪，对心脑血管、呼吸、泉州市中医院消化、泌尿、内分泌等系统急、危、重症均能进行著有成效的抢救和治疗。
医院科室门类齐全，设有神经内科、心脑血管内科、呼吸内科、消化内科、肝科、肾内科、新生儿科、小儿内科、肿瘤科、内分泌科、老年病科、普外科、神经外科、胸外科、泌尿外科、肿瘤外科、血管病外科、蛇伤科、骨伤科、创伤外科、关节脊柱外科、泉州市中医院，http://www.qzzyy.com.cn，四肢外科、肛肠科、针灸科、康复科、__科、产科、妇科、男性内科、皮肤科、医学美容科、五官科、ICU中心病房、麻醉科、社会保健科、急诊科、口腔科、临终关怀科等38个临床医疗科（室）。还设有影像科、检验科、泉州市中医院；病理科、营养科、消毒供应科、功能检查科、手术室、核医学科、输血科、制剂中心等10个医疗技术科（室）和11个职能科室。蛇伤科、肝科、心脑血管内科、肿瘤科、骨伤科、针灸康复科、妇科、肛肠科等专科独具特色，屡获好评。
医院坚持以中医学术为主体的办院方向，坚持把中医专科（专病FF09作为医院内涵建设的重点，将 “人有专长、科有特色、专业有突破口 ”为技术发展的中心工作，推行 “树名医、创名科、以人带科、以科带院 ”战略，把握好 “五专 ”（专家、专病、专药、泉州市中医院，http://www.qzzyy.com.cn！专科、专技）为核心的中医专科（专病）发展方向。把发病率高、西医药无满意疗效、而中医药有特色、有优势的病种，作为专科（专病）建设重点，在重点病种或病种的重要环节上明确学术与技术主攻方向。目前，针灸专科、中医妇科专科、中西医结合脑血管专科是福建省中医重点专科，在省内外及东南亚一带均有一定声誉。中医肾病专科是第四批省级重点中医专科建设项目，蛇伤科、肛肠科、骨关节病和腰腿痛专科是第一批市级中医重点专科。
同时还是省医学教育进修基地、省全科医师培训定点医院、省住院医师规范化培训试点医院、省新药临床验证基地和省道路交通事故伤员救治定点医院、泉州市 “120 ”急救站，省肿瘤医院和省肝病协会协作医院。是泉州地区中医医、教、研中心。
2002年9月被省卫生厅批准为福建省中医学院非隶属附属医院。
2002年4月泉州市卫生局等部门核定我院为第一批非营利6027医疗机构。
1995年8月通过省卫生厅 “三级乙等中医院 ”的评审，泉州市中医院成为泉州市首家评定等级的医院。
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