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北京药师协会的基本宗旨是自律、维权、协调、服务，主要开展以下方面业务：1、履行团体职责，加强药师的自律管理，规范药师执业行为，维护药师合法权益；2、北京药师协会，http://www.blpa.com.cn，学习、宣传药品监督管理的法律、法规，贯彻执行合理用药有关规章制度；3、开展与药师相关的培训服务及继续教育，加强药师队伍建设，提高药师的执业能力；4、组织开展与药师相关的药学方面的研究工作；5、接受政府主管部门委托，参与有关药师管理法规、规章的制定；承担有关药学学术发展、药品合理使用及监管等方面的任务和项目；6、组织开展国内外药学技术的学术交流与合作；7、北京药师协会介绍、推广药学新理论、新知识、新技术、新方法，促进药学技术的发展和进步；8、通过对药师队伍的现状、要求和愿望的调研，为政府制定药师队伍管理和医疗服务质量管理的政策、法律、法规提出建设性意见；9、依照有关规定编辑出版药师学术刊物和科普资料，宣传和咨询合理用药的知识，向药学人员及公众提供药学信息和健康知识服务；10、经政府有关部门批准，表彰、奖励在生产、经营、使用、教育、科研中为推动合理用药、保障公众健康做出突出贡献的与药师相关的人员。
北京药师协会的领导机构是理事会和常务理事会，下设秘书处和3个专业委员会、5个工作委员会。
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