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医院设定 “1257 ”攻关计划， “1257 ”攻关计划是医院近期重要战略，涵盖了反复手术复发性肛瘘会诊中心、女性肛肠疾病治疗中心和黄济川肛肠病学术思想与成就研究、肛肠病无痛手术治疗研究、顽固性肛门坠胀研究、慢性顽固性便秘研究、先天性肛门畸形研究、成都肛肠专科医院，http://www.cdgcyy.com，重症复杂性痔疮的修复与整形研究、晚期复发性直肠癌研究、PPH手术与技巧研究等10余项个肛肠科常见疑难顽症科技攻关项目组。医院是中国农工民主党所属中国初级卫生保健基金会的 “全国中医药文化与肛肠专科建设特训基地 ”。中华医学会外科分会结直肠外科学组全国六大 “肛肠良性疾病示范医疗中心 ”，中国PPH技术培训中心，中国TST技术培训中心，成都中医药大学肛肠专业研究生招生点。
肛肠科有大小 “肛肠 ”之分。小肛肠即痔瘘科，治疗范围在直肠5cm以内；大肛肠则从盲肠起至直肠肛门。成都肛肠专科医院是全国仅有的几家大肛肠专科医院，是中国便秘联谊会发起人单位，中国肛肠网创办单位，成都肛肠专科医院中国PPH技术规范标准制定单位，并多次成功承办国际国内大型学术会议和国家级继续教育培训。医院现有主任医师7名，副主任医师23名。
痔瘘学科是门包含许多肛门疾病的学科，痔瘘疾病给患者造成了极大的痛苦。黄老在继承恩师独门绝技的基础上，通过几十年的临床实践，总结出一整套独具中医特色的专科治疗方法和药物，解决了西医不能完全解决的问题。近几十年来，医院在继承和发掘黄老丰富的医药遗产的基础上，结合现代医学的先进理论，将黄老的学术思想更进一步发扬光大，对一些医学界公认的疑难杂症，如便秘、肠癌、肠炎的治疗，制定出一整套完善的治疗方案。在慢性顽固性便秘的诊治中，创造性地提出了 “结肠瘫痪症学说 ”和 “直肠瓣肥大学说 ”；提出了 “便秘分期诊断 ”及 “便秘是因，精神症状是果 ”的概念，首创 “选择性结肠切除术 ”治疗顽固性便秘；独创整形修复方法治疗复杂性重症痔疮及会阴撕裂、肛门缺损等疾病疗效确切；首创 “吻合器原位人工肛门重建术 ”治疗先天性肛门直肠畸形等疾病；自创了切口长度只有3～5厘米的 “小切口胆囊切除术 ”。独创了 “低位直肠癌经腹会阴联合切除左下腹排便可控性人工肛门技术 ”；独创了RERAM手术（经肛直肠前壁切除联合直肠粘膜环切术）治疗直肠前突；在医学界首先设立了胃肠心理工作室治疗胃肠疾病（尤其是慢性顽固性便秘）方面的心理问题，采用国际最新方式，直肠全系膜切除(TME)无血化手术治疗结直肠癌，成都肛肠专科医院，http://www.cdgcyy.com，保肛率达到百分之九十，处于先进水平，在手术的基础上，采用中西医结合的方法，中药口服、中药外洗、针刺、艾灸、火罐等，替代放、化疗或加强放、化疗疗效，降低了放化疗副作用，大大加快了直肠癌根治术术后的恢复，缩短了疗程，降低了费用，提高了病人术后生活质量和生活信心。中药配合化疗治疗晚期复发性直肠癌疗效奇特，最短3天即可见效。成都肛肠专科医院；对重症痔疮的一期根治、肛周脓肿的一期根治、世界性难治性疾病复杂性肛瘘的治愈率达百分之九十八。
20世纪50年代，黄老用其高超独到的祖传秘方为一些重要领导诊治后，其医术享誉九州，受到周总理亲切接见与鼓励。新中国中医外科四大名医黄济川、石筱山、杜自明、赵炳南，于1956年7月跻身于中华医学会外科学会常务委员。其中黄济川与 “中国外科之父 ”裘法祖等一起任学会四位副主任委员之一，获得了中医外科在我国医学史上最高的学术地位。同时黄济川也是四川省最早的四大名中医之一（黄济川、张文修、李斯炽、卓雨农）。
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