先进院目前已初步构建了以科研为主的集科研、教育、产业、资本为一体的微型协同创新生态系统，由六个研究所(先进集成技术研究所、生物医学与健康工程研究所、先进计算与数字工程研究所、生物医药与技术研究所、广州中国科学院先进技术研究所(筹)、中国科学院深圳先进院-麻省理工学院麦戈文联合脑认知与脑疾病研究所(筹))、一所特色学院(深圳先进技术学院)、四个特色产业育成基地(深圳蛇口机器人基地、深圳龙岗低成本健康基地、深圳李朗云计算与物联网基地、上海嘉定电动汽车基地)、一支天使基金(中科育成)和三支风投基金(中科明石、中科道富、中科昂森)、多个具有独立法人资质的新型专业科研机构(深圳创新设计研究院、深圳北斗应用技术研究院、济宁中科先进技术研究院)组成，设有学术委员会、学位委员会和工业委员会。
根据中央建设创新型国家的总体战略目标和国家中长期科技发展规划纲要，结合中国科学院科技布局调整的要求，围绕深圳市实施创新型城市战略，2006年2月，中国科学院、深圳市人民政府及香港中文大学友好协商，在深圳市共同建立中国科学院深圳先进技术研究院(以下简称“先进院”)，实行理事会管理，探索体制机制创新。
