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医院拥有国内先进、华南地区领先水平的癫痫诊疗中心（由癫痫内科、癫痫外科及电生理监测中心组成）、肿瘤神经外科等一批极具专业特色优势的学科群，强大的神经外科由肿瘤神经外科、颅底神经外科、小儿神经外科、综合神经外科、微侵袭神经外科、广东三九脑科医院，http://www.999brain.com，血管神经外科、癫痫神经外科等7个学科组成，广东省头痛诊疗中心、眩晕诊疗中心、脑血管病内科诊疗中心、神经系统感染和变性疾病诊疗中心、小儿神经内科、脑瘫诊疗中心、神经康复诊疗中心、心理行为疾病诊疗中心、睡眠医学诊疗中心、神经电生理中心（含脑磁图等）等学科在国内和东南亚地区形成了重要的影响和知名度。在以手术为特色的癫痫综合治疗、广东三九脑科医院各种巨大脑肿瘤的手术和放射治疗（含X刀和适形调强精准放疗）、颅脑外伤的手术和康复治疗、各种脑血管病和脑瘫的综合诊疗与康复、植物状态复苏（促醒）等方面，做了大量卓有成效的工作，受到国内外同行和患者的肯定。
医院1994年经国家卫生部批准设立。展开床位600张。按广东省卫生厅批复，医院规模和建设水平 “相当于三级甲等医院 ”。国内著名神经内（外）科专家学者吴若秋、李龄、谭启富、许建平、唐刚揆、尹普安、王象昌等在不同的历史发展时期直接参与了医院临床医疗和科研工作。著名癫痫内科专家沈鼎烈教授、神经内科专家田新良教授、神经外科专家黄勤教授、成良正教授作为医院神经内（外）科首席专家常年领纲主持相关学科建设。原全国人大副委员长吴阶平、原国家卫生部部长陈敏章为医院提写了 “勇攀医学科学高峰，不断提高诊治水平 ”、 “发挥专科优势，争创一流技术 ”，对医院建设取得的成绩予以赞扬和勉励。
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