资源与环境学院：环境科学系、应用微生物系、城镇规划系、土地资源管理系、农业资源管理系、生态科学系。
成栋学院：艺术设计系、艺术与传播系、会计系、经济管理系、东北农业大学，http://www.neau.edu.cn，生物食品系、电子信息系、人文社科部、基础部、外语系。
食品学院：畜产品加工系、农产品贮藏加工工程系、食品科学系。
动物科学技术学院：动物营养与饲料科学系、动物遗传育种与繁殖系、水产养殖系、草业科学系。
工程学院：机械工程系、能源与动力系、工程技术基础部、管理科学与工程系。
截至2013年11月，东北农业大学学校设有17个二级学院，81个系（部）。
学校坚持开放办学，设有教育部赴俄留学培训基地，具有接收中国政府奖学金来华留学生资格，是国内最早与俄罗斯开展联合办学的高校之一，已先后与俄罗斯、日本、韩国、美国、加拿大、澳大利亚、爱尔兰等国家的60多所高校及科研单位建立了联系，广泛开展国际交流与合作，并初步形成了“以东北亚为主、博采众长”的国际交流特色。
东北农业大学以“北方现代农业”为科研特色，紧紧围绕国家特别是黑龙江省农业科技发展重点、热点及难点问题开展科技攻关。设有2个国家级研究中心，2个教育部重点实验室，4个农业部重点实验室，4个农业部农业科学观测实验站。建校至今，学校承担的各类课题先后获得省部级以上奖励300多项，其中国家自然科学奖、发明奖和科技进步奖26项。
学校拥有教授、副教授和博士生导师任职资格审定权，东北农业大学，http://www.neau.edu.cn，师资队伍结构合理，整体水平较高。现有专任教师1 267人，其中教授266人，副教授336人；具有博士学位者545人，具有硕士学位者467人。教师中有中国工程院院士1人，“何梁何利基金”科学与技术进步奖获得者1人，国家级教学名师1人，“龙江学者”特聘教授16人、讲座教授3人，博士生导师174人。
东北农业大学1948年创建于哈尔滨，始称东北农学院，是中国__在解放区创办的第一所普通高等农业院校，知名教育家、哈尔滨市第一任市长刘达为学校第一任院长。自建校以来，学校先后隶属于东北行政委员会农业部、国家高等教育部、东北农业大学；国家农业部、黑龙江省农业委员会、黑龙江省教育厅，1981年被确定为黑龙江省省属重点院校，1994年与黑龙江省农业管理干部学院合并组建东北农业大学，1996年成为首批国家“211工程”重点建设大学。
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