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医院坚持 “科技强院 ”的办院理念，承担着国家 “十一五 ” “十二五 ”艾滋病、病毒性肝炎和中西医结合肝病等重大传染病防治科技重大专项课题、国家自然科学基金、卫生部科学研究基金以及福建省科技厅自然科研基金、青年科研基金等多项重大科研课题，先后荣获国家、省市级科研成果奖30多项，获国家发明专利权2项，PCR实验室全省首批通过卫生部临床检验中心验收， “病毒性肝炎 ”专业被评为全省十大特色专业之一。福州市传染病医院官网医院先后荣获福州市 “文明单位 ”、 “标兵单位 ”、 “病人满意医院 ”、 “诚信医院 ”和 “先进基层党组织 ”等多项荣誉称号。
医院技术力量雄厚，实验室检测及辅助诊疗手段完善，在急慢性肝病、病毒性肝炎、肝硬化、肝衰竭、福州市传染病医院▲艾滋病及各类感染性疾病诊疗方面均居全国先进之列，拥有一支结构合理、适应医学发展需要的专业人才梯队，现有职工500人，其中卫生专业技术人员300多人，高级职称37人，中级职称94人，硕博士32人。
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福州市传染病医院是福建省规模最大的一所集医疗、教学、科研于一体的非营利性三级甲等专科医院，始建于1947年，是福建医科大学附属传染病医院和福建中医药大学教学医院，传染病专业硕士培养点，也是国家中医药管理局中医药防治传染病重点研究室，国家中西医结合肝病重点专科单位和传染病重点专科建设单位，国家肝病药物临床试验机构。福建省传染病诊疗中心、福建省肝病科学研究中心（临床部）、福建医科大学孟超肝胆医院、艾滋病治疗中心和福州肝病中心设在院内。
