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在“十二五”规划政策引导下，该院将积极迎着港城大发展的大好形势，以创建基本现代化妇保院为目标，为全市的人民提供最优质的保健医疗服务。
产前诊断、产前筛查、新生儿筛查是全市唯一的江苏省指定医疗机构。2008年，产前血清遗传学筛查工作在全市四县四区全面推广开展。作为全市唯一的产前诊断业务指导中心，该院还担负着全市孕中期妇女血清遗传学筛查、胎儿先天性畸形的超声筛查和产前遗传学诊断工作，连云港市妇幼保健院官网对全市产前筛查进行技术指导、质量控制、出生缺陷筛查、诊断情况汇总和信息统计等妇幼保健工作。2011年产前筛查率达40%以上。
儿科是院重点专科，担负全市儿童的医疗、教学、科研与康复的任务。技术力量雄厚，连云港市妇幼保健院▲危重病抢救成功率95%以上；对呼吸及哮喘类疾病治诊具有独到之处；精于儿童常见病、多发病的诊治，并以用药“灵、轻、便”享誉社会。护理单元率先开展“静脉留置针输液”，减少穿刺痛苦，赢得市民广泛赞誉。
新生儿重症监护室是该院着力打造的品牌专科，2011年再次被评为市级重点学科。配备了先进的消毒隔离措施、监护仪器、呼吸机、空氧混合仪、远红外复苏抢救台、连云港市妇幼保健院官网，CPAP机等仪器设备，为危重患儿及时、高效、精确的诊断和治疗提供了重要保障。近三年来，抢救危重症新生儿1000多例，成功率达98.5%，无医疗事故发生，受到社会广泛好评。先后荣获连云港市科技进步三等奖、新技术进步奖各1项、医疗综合奖2项。
产科是市级重点学科，开设三个病区，床位120张。该科设置产科ICU，担负着全市危重症孕产妇抢救指导、现场处理和转运接诊任务。2006年开通了85195199全市统一的呼救电话，实行了24小时值班制，进一步规范了急救流程，建立了孕产妇死亡防范和处置预案。连云港市妇幼保健院▲，该科为全市产妇实现了孕前准备、孕期保健（建立保健卡、免费为孕妇开设讲座、免费组织孕妇学习孕妇操）、导乐分娩、无痛分娩、家庭化分娩、产后康复等一条龙服务。其中无痛分娩、产后康复、孕妇学校在我市属于率先开展，特别无痛分娩市场需求成倍提升，2009年该院全面开展无痛分娩工作，连云港市妇幼保健院官网专人负责，得到了广大产妇的普遍认可，目前无痛分娩已越来越被更多的产妇及家属接受。该院分娩量近年来一直位居市直医疗机构之首。
群体保健科以妇幼保健技术研究和政策研究为手段，以全面提高妇女儿童的健康水平为目的，指导全市妇幼保健技术服务的开展。主要负责对全市妇幼卫生工作的业务指导、培训及咨询；开展适宜新技术推广；对全市妇幼卫生信息的收集、整理、分析和反馈以及妇幼卫生信息系统的建设与管理工作；开展妇幼保健健康教育活动；协助卫生行政部门制定妇幼保健发展规划。2011年，实现两癌普查28500人次，实现农村妇女补服叶酸53792人，完成农村孕产妇住院分娩补助34073人。全市新生儿筛查率达98%以上，听力筛查率达95%以上。
2011年，连云港市妇幼保健院▲科教研工作实现历史性突破.申报市级重点学科5个，批复3个，申报市级医学重点人才19名，入选11名。顾莹获市卫生系统唯一领军人才，汤丽莎入选省市共建人才（卫生系统仅2名，全省同质医院仅2名，位居市内、省内同质医院前列）。荣获局新技术引进奖2项；申报市局级课题共25项，立项11项;全年共发表论文76篇，其中SCI 1 篇，核心期刊18篇，科技统计源期刊20篇;完成省级继续教育项目2项，市级继续教育项目5项。
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连云港市妇幼保健院始建于1986年的连云港市妇幼保健院，是一所集保健、医疗、教学、科研为一体的三级甲等妇幼保健院，徐州医学院教学妇幼保健院，市高职校、淮安卫校、赣州卫校实习基地。占地面积19亩，建筑面积1.8万平方米，另租赁1500平方米（行政办公、儿童康复病区），拥有床位369张，全院在职职工550人，其中卫技人员440人，高级职称70人，中级职称130人，博士后1名，硕士研究生近30余名，省市重点人才29人。2011年，实现业务收入1.3亿元，门急诊326437人次，出院13711人次，手术6695台次，分娩数5382例。其中分娩数位于市医疗机构首位。医院严格按照三级妇保院科室设置，设职能科室13个，保健一级科室6个，二级科室17个，临床一级科室8个，二级科室11个，医技科室5个，能够较好地满足妇女儿童保健、就诊需求。
