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学校有12个学院、27个系，以及研究生院、软件学院、公共事务学院、网络教育学院等，在上海、苏州分别设有研究院。有数学、中国科学技术大学，http://www.ustc.edu.cn，物理学、力学、天文学、生物科学、化学共6个国家理科基础科学研究和教学人才培养基地和1个国家生命科学与技术人才培养基地，8个一级学科国家重点学科，4个二级学科国家重点学科，2个国家重点培育学科，1个安徽省A类重点学科，19个安徽省B类重点学科。建有国家同步辐射实验室、合肥微尺度物质科学国家实验室（筹）、火灾科学国家重点实验室、中国科学技术大学国家高性能计算中心（合肥）、蒙城地球物理国家野外科学观测研究站等34个国家和院省部级重点科研机构。
中国科大是全国重点大学，是全国首批7所 “211工程 ”和首批9所 “985工程 ”建设的高校之一，是中科院知识创新工程重点建设院校，是国家 “111计划 ”和 “珠峰计划 ”重点建设的名牌大学，九校联盟（C9）成员，中国大学校长联谊会成员，东亚研究型大学协会成员、环太平洋大学联盟成员，入选海外创新人才基地（共5个大学为清华、北大、中国科大、上海交大、华中科大） ，是美国承认学分的4所大陆高校之一（北大、清华、中科大、复旦）。英国《泰晤士报高等教育副刊》公布该报2010年世界大学排行榜，中国科学技术大学名列全球第49位，中国大陆第二位，同中国内地北京大学，清华大学共有3所高校进入世界百强。英国《泰晤士报高等教育副刊》发布2011~2012世界大学排行榜，中国科学技术大学排名第192位，仅次于北京大学和清华大学，中国科学技术大学，http://www.ustc.edu.cn，位居全国大陆第三。本数据来源于百度地图，最终结果以百度地图数据为准。
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