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地址：南通市世纪大道6号新区行政中心西侧档案中心
根据市委、市政府2010年批准的三定方案，市档案局（市档案馆）设8个内设机构，即：办公室、法规宣教处（南通市档案教育培训中心）、监督指导处、资源建设与开发处（张謇与大生档案资料研究室）、保管利用处、信息技术处、企事业档案管理处（南通市企事业档案馆）、文件查阅处（南通市文件中心、南通档案信息网官网行政服务处），另按有关规定设立机关党总支、监察室。局（馆）机关事业编制为37名，局领导6人、正副处长（主任）10人，离退休人员21人。
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南通市档案局和南通市档案馆是一个机构两块牌子，为市委，市政府直属正处级事业机构，依照国家公务员制度管理。受市委、市政府委托，档案局（馆）全面履行全市档案事业行政管理和档案的收集、整理、保管、利用两种职能。档案局（馆）全面贯彻实施《中华人民共和国档案法》、《江苏省档案管理条例》等有关法律、法规，加大档案接收、征集工作力度，大力丰富馆藏，注重拓展档案馆的社会教育功能。目前，一个与全市各项事业协调发展，具有一定地方特色的档案事业体系正逐步形成，档案工作在全市各项事业中发挥着不可或缺的作用。
