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近年来先后承担各级各类科研课题45项，其中细菌L型“863”系列培养基的研制等17项科研成果获得铁道部科学技术进步奖、安徽省科技进步奖、上海市科技进步奖、上海市优秀发明、上海铁路局科技进步奖、蚌埠市科技进步奖等荣誉。
医院医疗设备设施在皖东北地区同级医院中居领先地位。拥有医院现有美国GE1.5T超导磁共振、蚌埠医学院第二附属医院，http://www.byefy.com，飞利浦64排128层CT机，1250mA DSA，进口全功能麻醉机、呼吸机、彩色多普勒、血气分析仪、全自动生化分析仪、ICU、CCU监护设备、血液透析设备、进口超声乳化白内障治疗仪、脑彩超、大型数字减影X光机、蚌埠医学院第二附属医院数字化X线乳腺成像系统（CR）、体外循环机、C臂X光机、碎石机等大型设备，等一批世界高精尖医学诊疗设备。医院病房大楼设备设施齐全，每个病床配置“三集中”设施，病房有独立的卫生间、冷热水、空调、暖气系统，门（急）诊大楼引入现代医院设计理念，诊疗科室、候诊区域设计科学、合理，彰显人性化服务特色。
医院始建于1915年，岁月沧桑，几经变革，1949年医院正式挂牌蚌埠铁路医院，后逐步发展成为规模较大，技术力量较强，医疗设备先进，学术水平较高的上海铁路局蚌埠铁路分局中心医院，也是全国铁路系统建院最早的医院之一。2000年5月医院与蚌埠医学院建立非直属附属医院关系。 2004年随着铁路体制改革，蚌埠医学院第二附属医院，http://www.byefy.com，医院分离出铁路系统，根据皖政秘91号文件，2004年8月19日，蚌埠铁路中心医院正式移交蚌埠医学院，正式更名为“蚌埠医学院第二附属医院”，进入安徽省直事业单位管理序列。
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