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近年来医院承担了国家“863”、“973”重点攻关项目、国家重大专项课题项目、国家自然科学基金项目、教育部及上海市科委基金项目、上海市卫生局及申康医院管理中心科研项目以及国际合作科研项目等的研究工作。多人次获得教育部“新世纪人才”计划、“上海市浦江计划”、“上海市曙光计划”和“上海市启明星”计划。以著名科学家曾溢滔院士领衔的上海医学遗传研究所始终瞄准本学科的国际前沿，近40次荣获国家、上海市儿童医院官网部委和上海市的重大成果奖励，重要科研成果曾在国际权威医学杂志《自然》等上发表。
医院拥有中国工程院院士1名、博士生导师9名、硕士生导师26名，拥有高级职称专家百余名。医院设有儿科类全部专业，优势特色专科有重症医学科、新生儿科、肾脏风湿科、上海市儿童医院官网▲呼吸科、血液科、消化科、心脏内科、神经内科、普外科、胸心外科、神经外科、骨科、泌尿外科、耳鼻咽喉头颈外科、儿童保健科、皮肤科、中医科、上海市儿童医院官网，口腔科、康复科等。医院也是上海医学遗传研究所、上海市儿童保健所、上海市儿童急救中心、上海市新生儿筛查中心、上海市儿童康复中心、上海交通大学先天性泌尿--系畸形外科疾病诊治中心、上海交通大学儿童呼吸道感染性疾病诊治中心所在地。擅长对儿童血尿、川崎病、晕厥、婴幼儿黄疸、新生儿缺氧缺血性脑病、哮喘、肿瘤、癫痫、性早熟、学习困难、泌尿系畸形、先心病、上海市儿童医院官网▲，骨骼畸形、耳鼻咽喉疾病等专科疾病的诊治。在疑难杂症的诊治上更积累了丰富的经验，是国内首家成功开展连体婴儿分离术的儿童专科医院。
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