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医院是全市第一家 “无红包医院 ”、 “无烟医院 ”，连续三年为 “市直机关精神文明单位 ” ，连续四届获厦门市卫生系统党风廉政建设先进单位，曾获全国妇幼卫生工作先进单位、全省妇幼卫生工作先进集体。医院 “无红包医院 ”于2007年获评厦门市 “双十佳行业服务品牌 ”，多年来已形成了医院特有的廉医文化。
厦门市开展最早、最多的妇科电视宫腔镜、厦门市妇幼保健院，http://www.xmfybj.cn，腹腔镜手术的医院之一，厦门市第一家独立开展腹腔镜下宫颈癌根治术。开设宫颈疾病专科，开展__镜检查、宫颈液基细胞学检查及宫颈癌根治术；乳腺疾病专科，开展数字乳腺钼靶检查，麦默通微创检查、治疗技术，乳腺癌根治术及__整形术；小儿脑瘫的超早期诊断及中西医综合治疗；新生儿科开展了 PS联合NCPAP（INSURE ）预防或治疗早产儿肺透明膜病、连续腰穿治疗新生儿颅内出血、新生儿外周动静脉同步换血、新生儿NO吸入治疗PPHN、经外周静脉的中心静脉置管（PICC）；儿童发育行为科开展儿童心理疾病的诊治、厦门市妇幼保健院儿童孤独症训练及新生儿至3岁儿童的早期教育；小儿外科疑难手术等一些列先进技术。
医院始建于1959年，1996年经厦门市政府批准，厦门市妇幼保健所更名为厦门市妇幼保健院。2004年5月，医院迁入镇海路10号，现占地面积1.2万平方米，建筑面积6.1万平方米。至2010年，医院编制床位700张。
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