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医院现为南京市惠民医疗单位、爱婴医院、南京中医药大学和安徽中医学院的教学医院、意大利都灵BOSCO医院友好合作医院，是江苏省中西医结合学会外治法专业委员会、江苏省中西医结合学会外治法研究中心、南京市中西医结合医院官网，江苏省中西医结合学会亚健康专业委员会（筹）、南京中西医结合学会、南京市第一医院外科分中心、南京市儿童医院城东分院、南京市120急救中心城东分站所在地，医院实施了ISO9001质量管理体系并获得BSI英国标准协会的审核认证。
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南京市中西医结合医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、养生为一体的市级中西医结合医院。医院现为国家重点中西医结合医院建设单位、国家 “治未病 ”预防保健服务试点单位、卫生部国际紧急救援中心网络医院。
