1996年，南陈集中学在光环四射中庆祝了她的40华诞。
1994年9月，南陈集中学初中部又重新招生，一直维持两轨。
学校坚持 “改革是现代化建设的必由之路，高素质的教师队伍是改革成功的条件，培养高素质的人才是改革的根本任务 ”，加强了师资队伍的建设，为学校的发展奠定了深厚的基础。这一时期涌现出了很多品学兼优的学生，南陈集中学，http://www.ncjzx.com，并有很多考入了国家重点大学，如考入北京大学的郁海明，考取武汉大学的曹乃军。同时该时期，学校为社会培养大批合格人才，这批学子后来大都成为各行各业上的精英。南陈集中学还为国家的航空事业作出了贡献，1989年至1991年共为国家输送了5名飞行员，并因此受到了省政府的表彰，授为 “招飞先进单位 ”荣誉称号。
1988年至1992年，这几年间，南陈集中学迎来了发展史的辉煌时期。在全面贯彻教育方针，南陈集中学全面提高教育质量的思想指导下，以全面发展为根本，以整体优化为目标，以输送优秀生为己任，以目标管理为手段，认真落实 “五个全 ”（ “一全 ”指以德育为首，推动德智体美劳全面发展； “二全 ”指按照国家教学计划，不加班加点，教好学好全学科； “三全 ”指认真管理好三个学年的全过程，年年抓，抓三年； “四全 ”指面向全体学生，优化全体学生； “五全 ”指全心全意，为学生服务），取得卓越成绩。
（1988年 mdash;1998年） 卧薪尝胆 铸筑辉煌
此外，1978年9月，学校受县烟草公司和县教委委托，开设了烟草职业班，一直到1983年才撤消此班。五年时间，为运南片农村培养了许多烟草种植方面的人才。
很多教师在教学中呕心沥血，促使学生全面发展，这一时期为国家培养了各行各业的优秀人才。现任清浦区区委__赵正兰、泗阳县县长赵深、现任淮阴区副区长蒋启波、现任淮阴区教育局副局长彭德山、南陈集中学，http://www.ncjzx.com，现任江苏省乡镇企业协会副会长淮安龙华鞋业有限公司董事长钱文忠、现任南京晓庄学院附属中学校长周鹏、全国优秀教师简中兰等都是这一时期毕业的。
80年代中后期，学校建制扩大，高中由双轨制改为四轨制，全校生数达到800人之多。教师基本配齐，共80多人。校舍设备增加，在原先10口教室的基础上，新建教室6口。教学管理正规化，对各项制度加以完善，加强 “三风 ”建设，确定新的校风 mdash; mdash;文明守纪，勤奋求实；新的教风 mdash; mdash;拼搏进取，严谨创新；新的学风 mdash; mdash;多思求真，博学求精。1986年，南陈集中学；学校积极相应中央号召，倡导全校师生争做 “四有 ”（ 有理想、有道德、有文化、有纪律）新人。
文革结束，特别是1978年十一届三中全会以后，中国大地万象更新，一派生机，全社会形成了尊师重教的良好风气。在南陈集乡这个偏僻的农村，教育事业也得到了空前的发展。1978年先后成立了两年制初级中学鲁黄联中和高成联中，后来又在1980年和1981年先后成立了翻身联中和乔庄联中。
学校办学理念先进，对学生全天侯立体化管理系统健全，学校走多元化，特色化办学之路，教育教学质量稳步提高，目前学校正向着 “办品牌完中、创一流管理，建一流队伍、争一流质量 ”目标奋进。
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