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医院重视科研工作，不断完善科研工作激励考核管理机制，相继制定了《科技论文管理奖励办法》、《科技成果奖励办法》、《科研经费使用办法》，对每年评出的优秀论文特别是高水平论著的完__，及获得市级以上奖励的科技成果予以奖励；对获得立项的科研课题、有前景的自选课题积极予以经费支持。同时将科研工作纳入综合目标《责任状》考核范畴，巴彦淖尔市医院，http://www.bynesyy.com，将科研任务的完成情况与科室评优、年终奖发放等直接挂钩。在各项制度措施的激励下，医院科研工作取得不菲成绩，近三年间，有刘俊芳院长参与完成的《内蒙战区饮水型砷中毒的病因与防治研究》获解放军总后勤部科技进步二等奖；由刘俊芳院长负责的《RSA基因多态性与内蒙古地区人群Ⅱ糖尿病及合并肾病的相关性研究》通过了自治区科技厅鉴定，另有4项科研项目通过市科技局鉴定；获自治区科技进步奖5项，盟市级科技进步奖16项，内蒙古自然科学基金课题2项，每年发表于国内外各级专业刊物的论文百余篇。
医院坚持 “建名院、树名科 ”的学科建设理念，制定了科学、合理的学科建设方案，巴彦淖尔市医院使医院形成了龙头学科与发展学科、特色专业与一般专业、优势方向与发展方向并存、互长的良性学科发展环境。急诊医学科、妇产科、医学工程科为医院重点学科。其中，急诊医学科于2009年顺利通过了自治区重点学科评审验收，在有力提升医院核心竞争力的同时，填补了我市医疗卫生系统长期以来无自治区重点学科的空白。介入导管科、放疗科、心胸外科、肿瘤内科等新型学科，在医院的大力扶持下，近年来发展稳定，整体实力明显增强。另外，2001年以来，全院21个二级专科也相继达到三级医院建设标准。
医院现有在职职工1637人，其中，高级职称278人，中级职称368人，初级职称825人；博士、硕士研究生47人，巴彦淖尔市医院，http://www.bynesyy.com，本科学历623人。
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