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医院注重科技兴院，注重人才培养，近几年来。在省以上杂志发表论文200余篇，其中29篇获省市优秀论文奖，有16项科研项目获省市科技进步奖。
医技科室设备齐全，基本上满足了临床诊疗工作的需要、大型设备有全身CT、X光机、阜阳市第三人民医院，http://www.fydsyy.com.cn，脑电地形图仪、脑电信息工作站、血球计数议、B超、血疗机、生物反馈仪、光疗机、理疗、体疗及实验室设备等。
医院承担全市及周边地区的精种疾病、神经病防治的技术指导工作，以及科研和进修教学任务。1999年被安徽省人民政府指定为精神医学鉴定定点医院。2000年被阜阳市社保局指定为城镇职工基本医疗保险定点医疗机构。阜阳市第三人民医院医院设有专家门诊，由副主任以上医师应诊。年门诊量近3万人次，收治病人4000余人次。
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