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医院以突出心脑血管微创外科、骨科、消化、神经内科、妇产科、影像科、中医康复科等优势专业等优势专业学科建设带动其他学科建设。尤以李易教授为首的医院心血管病团队，宋光义教授为首的放射影像学科团队在临床、云南圣约翰医院，http://www.syhyy.com，科研上居全省先进和领先水平，病人辐射全省各地。
医院以美国加利福尼亚大学药理学博士、管理学硕士、台湾国防医学中心医学博士马家驹教授，美国拜伦医学院留学回国人员、云南著名心血管专家、硕士生导师、中国医师奖获得者、云南省中青年学术和技术带头人、中华医学会起搏电生理学会全国青年委员、中国医师协会心血管分会全国委员、云南省医学会心血管病分会主任委员李易教授，中华医学会云南省外科学会委员、云南圣约翰医院普外科专家李俊主任医师等为管理团队；以包括中华医学会放射学分会全国委员、中国医师协会放射学分会全国委员、云南省放射学会名誉主任委员、云南省医学影像临床应用研究中心主任、云南省医学工程专科学会顾问，原昆明医学院第一附属医院影像中心主任、昆明医学院影像专业主任、昆明医学院第一临床学院教研室主任，硕士生导师宋光义教授等在内的80余名中、高级技术人员为专家团队，并以与有关知名医院、院校开展的合作和持续的专家及人才培养，在管理和技术上保证云南圣约翰医院在管理、学科建设及医疗技术水平的持续发展，保持先进和提高。
医院现第一期工程占地15.5亩，建筑面积2万平方米，绿地率35％，病床300张，第二期工程完工后病床将增至600张。
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