协会的办事机构为秘书处，设综合部、项目部、外联部、编辑部、财务部五个职能部门。
协会将继续坚持 “三协（协作、协调、协同 ”的工作原则，团结大家，依靠大家，组织大家，中国性病艾滋病防治协会官网共同完成我国艾滋病防治的各项任务，营造更加有利于艾滋病防治的社会环境，为实现我国乃至全球控制艾滋病的目标做出新的努力和贡献。
协会面向全社会、社区、农村及重点人群宣传和普及性病艾滋病防治知识，提高广大群众的自我保护意识，开展健康教育和预防性艾滋病的行为干预活动，培训和指导民间小组深入基层社区、乡镇开展性病艾滋病防治工作；引导社会舆论关心和维护艾滋病病毒感染者、性病艾滋病防治协会▲艾滋病病人，鼓励他们恢复和树立生活的勇气与信心；接受政府及有关机构的委托，承担或参与性病艾滋病防治项目，开展国际合作与交流；促进性病艾滋病防治信息的沟通与交流，编辑出版学术期刊杂志，制作科普宣传资料；推广与性艾滋病防治工作相关的新技术、新产品；为维护会员的合法权益，向有关政府部门反映他们的意见和建议，努力营造一个有利于中国NGO参与艾滋病防治工作的社会环境。
协会的宗旨：
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中国性病艾滋病防治协会（以下简称协会）成立于1993年11月30日，在国家民政部登记注册，由国家卫生部主管业务，__在国家疾病预防控制中心，是专业从事性病艾滋病防治的国家级社会组织。
