目前，医院二期规划建设工程已经开工，发展规模进一步扩大，新建外科住院楼等医疗建筑群体，届时，医院总建筑面积达21.1万平方米，病床总数达1200张，停车位816个。
作为临床医学院，医院设立了内、外、妇、北京大学深圳医院官网儿等二级教研室23个，三级教研室27个。年接收北京大学本科、研究生、临床实习生50多名，其他实习、进修人员100多名。现已建立博士后科研工作站1个，博士培养点5个，北京大学深圳医院▲硕士培养点37个，共有硕士、博士导师76名。现承担10多项国家、省自然科学基金项目，630多项国家、省部、市级科研课题，并获得多项国家、省、市科技成果和国家专利。
医院现有员工近2000名。其中拥有副主任医师以上职称的高级技术人才近500名，硕士以上学位人员450名，有海外留学经历人员100名左右。
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北京大学深圳医院原名 “深圳市中心医院 ”，是深圳市政府投资4.5亿元人民币建成的现代化综合性医院。医院于1999年底建成开业，2001年9月，深圳市政府与北京大学、香港科技大学合作，医院更名为 “北京大学深圳医院 ”和 “北京大学深圳临床医学院 ”，纳入北京大学附属医院管理体系。
