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医院以南方医科大学全校学科为支撑，拥有以中国工程院院士钟世镇和中国科学院院士姚开泰领衔的 “专家技术指导委员会 ”，医院所属的南方医科大学骨科研究所科研及临床救治实力在全国名列前茅。钟世镇院士任骨科研究所名誉所长，全国著名骨科专家、中华医学会骨科学分会副主任委员、广东省医学会骨科专业主任委员金大地教授任所长。本院骨外科是国家重点学科及高等院校重点学科，同时也是南方医科大学骨科系和南方医院骨科中心的领头单位。南方医科大学第三附属医院，http://www.nysy.com.cn，学科带头人金大地院长是2010年卫生系统全国劳动模范和先进工作者、全国抗震救灾模范，在两岸四地及东南亚地区享有盛誉。骨外科分为脊柱、关节、创伤、综合骨科和儿童骨科五个专业组，设床位近300张。其中，脊柱外科为省医学重点专科、南方医科大学重点学科，是硕士、博士学位授予点、南方医科大学第三附属医院博士后流动站。妇产科、普通外科、神经外科、泌尿外科、胸外科、肾内科、消化科、内分泌代谢科、风湿免疫科、心内科、呼吸科、康复科和五官科等学科实力较强。科研成果：获国际基金2项，国家自然科学基金7项，军队及广东省科研基金18项，省部级以上成果10余项。
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