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波恩大学现有8个学院，即：基督教神学院、天主教神学院、法律经济学院、医学院、哲学院、数学自然科学学院、农学院和教育学院。另外设有各类校直属研究机构十几个，德国波恩大学，http://www.uni-bonn.de，如考古研究所、语言实验中心、天文学研究中心等等。
不久，拿破仑一世进攻德国，莱茵地区被占，波恩失守。由于法国人带来了全新的资产阶级民主思想，因而使这所学校成为封建保守思想和自由的意识形态论争的大讲坛。拿破仑失败后，波恩重归普鲁士统治。在当时著名进步思想家洪堡创议、普王弗里德利希 middot;威廉三世帮助下，学校于1818年10月成为普鲁士的正规大学，德国波恩大学政府接管了学校。1828年，学校将捐助者的名字作为学校校名，即莱茵波恩弗里德利希 middot;威廉大学，简称波恩大学。至此，学校各领域的发展开始进入了正轨。
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