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新时期，医院将根据医药卫生体制改革的内在要求，继续深入推进各项改革措施，加强医务人员医德教育，改善医院医疗服务，努力争创国家级、省级优质医院。
医院凭借地域优势积极开展对外交流，特别是我院倡导建立的 “海峡两岸医学论坛 ”和 “中山医学联席会 ”，涵盖心血管、厦门大学附属中山医院，http://www.xmzsh.com，消化、神经内外、超声医学、医院管理等多个学科，分别已成为海峡两岸医学交流中最高水准的学术盛会和国内外知名度最高的 “中山 ”系列医学院所交流平台。目前， “海峡两岸医学论坛 ”和 “中山医学联席会 ”已突破以往会议讨论和简单交流的形式，通过相互培训管理团队、派遣一线医务人员等方式逐步将各自的科研和教学工作紧密联系起来。
医院年门、急诊量超过300万余人次，年收住病人近6万人次，编制床位2000张；设有37个临床学科、10个医技科室、厦门大学附属中山医院2个分院、2个分部、5个社区卫生服务中心；拥有消化内科、心血管内科两个国家临床重点专科，厦门市心脏中心、厦门市临床检验中心、厦门市消化疾病诊治中心和厦门大学消化疾病研究所、厦门大学器官移植研究所、厦门市老年疾病康复研究所及厦门市肿瘤分子诊断与靶向治疗重大科技平台等重要医学中心和科研平台；为国家卫生部心血管疾病介入诊疗培训基地、中华医学会消化内镜培训基地、福建省超声医学培训基地；是福建省首批获卫生部审核批准开展人体器官移植技术（心脏移植）的医院之一。
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