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近年来，医院承担国家863计划和973计划、国家自然科学基金、安徽省自然科学基金等科研课题200余项，获省部级以上奖项55余项，其中获国家科技进步二等奖1项，教育部自然科学一等奖1项，连续两年获中华医学科技一等奖。每年发表学术论文1100余篇，其中SCI收录论文120余篇，主编和参编国家级规划教材20余部。安徽医科大学第一附属医院官网主办5种国内外公开发行杂志：《肝胆外科杂志》、《临床骨科杂志》、《临床眼科杂志》、《临床护理杂志》、《临床肺科杂志》。医院与美国、荷兰、德国、日本、安徽医科大学第一附属医院▲香港等国家和地区的科学研究机构建立了密切的科研合作关系。
医院坚持科教兴院战略，学科技术水平不断取得新的突破，银屑病的遗传学研究和红斑狼疮基因研究处于国际领先水平，同种异体肝脏移植、自体干细胞移植、异体干细胞移植、异体肾脏移植、体外循环、心脏不停跳冠脉搭桥、心脑血管介入治疗、胸腔镜和腹腔镜微创手术、辅助__技术、小儿脑瘫治疗等专业技术水平处国内先进水平。在中西医结合治疗大面积烧伤、安徽医科大学第一附属医院官网，微粒皮移植、眼角膜移植、人工晶体植入术等方面积累了丰富的经验,处省内领先地位。
医院是临床医学博士学位授权一级学科点，临床医学博士专业学位研究生培养单位，1个临床博士后科研流动站，硕士学位点覆盖所有的临床科室。拥有国家级重点学科1个，国家临床重点专科7个，安徽省重点学科6个，安徽省临床医学重点学科、重点发展学科和重点扶持学科25个。拥有国家重点实验室培育基地1个，教育部重点实验室1个，省部级共建重点实验室1个，省级重点实验室4个。
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安徽医科大学第一附属医院是安徽省规模最大的综合性教学医院，集医疗、教学、科研、预防、康复、急救为一体。前身为上海东南医学院附属东南医院，创办于1926年。1949年内迁至安徽怀远县，1952年迁至合肥市。1993年成为卫生部首批三级甲等医院。2011年进入中国最佳医院80强排行榜。
