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中科院上海高等研究院将发挥中科院科技资源优势以及上海的城市综合竞争力优势，携力推进国家创新体系建设，实现重点跨越，为上海率先提高自主创新能力，增强城市国际竞争力发挥科技引领作用。研究院探索并构筑以多学科交叉为特点、知识创新为基础、技术创新研发为核心、科技中介服务为纽带、体制创新为保障、人才培养为重点的技术创新体系。中国科学院上海高等研究院官网通过5～10年努力，成为科学基础积累深厚、自主创新能力与技术集成能力强，具有辐射引领作用的科技创新基地、技术孵化基地和创业基地，成为我国乃至国际有影响的创新基地。
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中国科学院上海高等研究院是以上海经济可持续发展的需求为向导，以中国科学院与上海市人民政府共建的中国科学院上海浦东科技园区为地域范围，以增强自主创新能力为基点，以多学科交叉为依托的高技术领域的应用研究与人才培养机构。上海高等研究院将重点面向国家战略目标的核心科技研发，积极推动科技移动转化与交叉科学研究，培养有创新创业能力的优秀人才，并努力探索体制机制的改革创新。
