新疆吉木萨尔县政府，吉木萨尔县地势南高北低。地貌南部为高山雪岭，北部为卡拉麦里山岭的低山残丘，两山之间是山前倾斜平原和低缓起伏的沙丘，最高点是二工河源头的雪峰，海拔500米。南部山区面积为436平方千米，以云杉为主的针叶林，四季常青。中部平原面积为2828平方千米，占县城面积的22%，是吉木萨尔县主要农作物种植区。北部属古尔班通古牧沙漠，面积达6719。9平方千米，占全县面积的53%，生长着耐旱的梭梭，红柳，小灌木等吉木萨尔县位于天山山脉东段北麓，准噶尔盆地东南缘，地处东径88308930，北纬43304530之间，东同奇台县为邻，西与阜康市接壤，北越卡拉麦里山和富蕴相连，南以博格达山分水岭同吐鲁番市，乌鲁木齐县为界。县城西距自治区首府乌鲁木齐市165公里，距昌吉回族自治州首府昌吉市200公里，东离哈密市550公里，吐乌大高等级公路，国道216线及省道303线贯穿全境，交通便利。县域总面积8848平方千米。
