近年来，本馆加大了发展电子文献的力度，购买了多种网络数据库、光盘数据库。至2007年底，可提供利用的电子全文包括：中文期刊 16529 种、外文期刊 17272 种、中文图书 54 万种、外文图书 26.50 万种，南京大学文书馆，http://lib.nju.edu.cn，外国硕、博士学位论文 10 万余篇。
1994 年，建立浦口校区分馆， 至2007年，分馆藏书已达到34万册。 2007年5月，面积 3.05万平方米的浦口校区新馆―思源图书馆建成并开放。至2007年12月止，全馆（含浦口校区思源图书馆）共有阅览室20个，阅览座位 3000 席，馆舍总面积约5万平方米，工作人员130余人。
1937年7月__战争全面爆发，南京各机关学校奉命内迁。南京大学文书馆中央大学因早有准备，故图书设备均基本搬迁，但辗转于战乱之世，难免流离损失严重。到重庆后，又进行了补充，至1944年统计，已有中文藏书121679册。金陵大学因与教会渊源很深，故一度存有幻想，及至形势紧迫，乃仓促西迁，图书仅运出十分之一，而留存南京校区的图书于1942年被伪立中央大学占用，故已荡然无存。抗战时期，在成都虽努力补充，但一时难以恢复，至1943年统计，中文藏书仅有16368 册。1949年中央大学改名为南京大学，1952年南京学区院系调整，金陵大学图书馆文理科藏书并入南京大学，调整后的南京大学图书馆有藏书共73万余册。
1910年，金陵大学堂图书馆在原各书院图书室的基础上建成，当时仅有西文书2250册。南京大学文书馆，http://lib.nju.edu.cn，因金陵大学是教会学校，故受历次动乱影响较小，图书馆藏书建设发展较稳定。 至1927年11月收回教育权运动后，学校基本脱离了教会，改归教育部主管。
1924年，齐孟芳先生捐资建成新馆，曾命名为 “孟芳图书馆 ”，1928年去齐氏名，仍随学校命名。1927年学校更名为第四中山大学，1928年复更名江苏大学，旋又改称中央大学，图书馆亦随学校易名。1924年后，中央大学图书馆的藏书逐渐丰富，至1937年5月，已有中外文书刊共计407203册，其中中文图书117846册。
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