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中心实验室于2003年通过了实验室国家认可，到2010年通过认可项目已达10大类474项，同时通过江苏省质量技术监督局计量认证566项，拥有气相色谱仪、高效液相色谱仪、离子色谱仪、气-质联用仪、原子吸收分光光度计、等离子发射光谱仪、南京市疾病预防控制中心，http://njcdc.cn，原子荧光光度计、总有机碳测定仪、全自动测汞仪、全自动水份测定仪、凯氏定氮仪、全自动滴定仪、全自动结核杆菌快速鉴定仪、全自动生化分析仪、全自动细菌鉴定仪、全自动酶联免疫检测仪、荧光定量PCR仪、蔡司生物显微镜、荧光倒置显微镜、南京市疾病预防控制中心Ⅲ级生物安全柜、低温冰箱、厌氧培养箱、CO2培养箱等先进仪器设备，其中万元以上270余台（件），价值约2500万元。
中心主要职责：（1）完成国家、省下达的重大疾病预防控制的指令性任务，实施疾病预防控制规划、方案，组织开展全市疾病暴发调查处理和报告；负责全市预防性生物制品管理，组织、实施预防接种工作；（2）调查突发公共卫生事件的危险因素，实施控制措施；（3）开展常见病原微生物检验检测和常见毒物、污染物的检验鉴定；（4）开展疾病监测和食品卫生、职业卫生、放射卫生和环境卫生等领域健康危害因素监测，管理全市疫情及相关公共卫生信息；（5）承担卫生行政部门委托的与卫生监督执法相关的检验检测任务；（6）组织开展健康教育与健康促进；（7）负责对全市区、县疾病预防控制机构的业务指导、人员培训和业务考核；指导全市医疗卫生机构传染病防治工作；（8）提供从业人员健康体检和职业病、皮肤病性病诊疗服务。
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