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1997、1998、1999连续三年被市政府授予 “文明单位 ”；1998年通过全国地级一等卫生防疫站的评审；1997年通过国家二级科技事业单位档案综合管理验收；1998年以来多次被评为市直卫生系统综合目标管理先进单位；2001年被卫生部评为 “全国消灭脊灰炎工作先进集体 ”，2002年被评为全省 “实现消除碘缺乏病阶段目标先进单位 ”、预防用生物制品管理先进单位；曾被市委、市府评为创建国家园林城市、国家卫生城市工作先进单位的表彰，2003年被评为省抗击 “非典 ”先进单位，省学生常见病综合防治先进集体；2005年被省卫生厅评为省救灾防病先进集体；2008年被省委、肇庆市疾病预防控制中心，http://www.zqcdpc.org.cn，省人民政府评为 “抗震救灾先进集体 ”。中心相继有十多项科研成果获市科技成果进步奖。
中心现有干部职工150人，其中专业技术人员126人，具有高、中级专业技术职称68人，大专以上学历81人。内设办公室、人事政工科、总务科、党委办、财务科、质量管理科、健康教育科、肇庆市疾病预防控制中心免疫规划科、流行病防治科、慢性非传染性疾病防治科、职业卫生科、公共卫生一科、公共卫生二科、寄防消杀科、检验科、城中门诊、和平门诊共17个科室以及鼎湖区、大旺高新区2个办事处。中心装备了大型低温冷库、百级无菌实验室、气相色谱仪、荧光定量PCR、原子吸收分光光度计、高效液相色谱仪、原子荧光分光光度计、自动生化分析仪、荧光显微镜、电子分析天平等先进仪器设备一批，可开展疾病控制与公共卫生等检测项目300多项。
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