近年来，学校经历了三次大的结构布局调整与青海畜牧兽医学院合并；2001年1月，青海省农林科学院，青海省畜牧兽医科学院，青海财经职业学院整建制划归青海大学；2004年11月，与青海医学院整合组建为新的青海大学占地2883亩，固定资产总值8.51亿元,校舍建筑面积41.7万平方米科研实验室（中心）58个，教学科研医疗设备值2.76亿元；图书馆藏书119.4余万册博士，硕士研究生480人，普通全日制本科生11936人，专科生1505人其中，专任教师1189人，科研医护人员2115人副高职称848人；专任教师中有博士53人，硕士509人农牧学院，化工学院，财经学院，农林科学院，畜牧兽医科学院，附属医院，成人教育学院，昆仑学院，藏医学院等10院，28个系和11个专业研究所；共有61个本科专业，34个专科专业，18个硕士点,2个博士点；有14个省级重点学科，3个省级医学重点学科；有5个国家级实验研究中心，24个省级重点实验室，实训基地；1个教育部重点实验室,1个省部共建教育部重点实验室农，医，管四大学科门类，学科专业设置与青海的支柱产业和优势产业密切相关，并在高原农牧业，高原医学，藏医藏药，盐湖化工，黄河水电资源开发等方面形成了自己独有的学科优势和办学特色《青海大学医学院学报》，《青海畜牧兽医杂志》，《青海农林科技》等学术期刊青海大学在高层次应用型人才资源开发中将发挥不可替代的重要作用省政府确定为省内重点建设的大学；2000年被国家确定为重点支持的西部地区高校之一；2001年国家教育部指定清华大学对口支援青海大学；2002年顺利通过教育部本科教学工作水平评估；2003年实现农科类硕士点零的突破；2004年实现了省部共建；2006年被批准为博士学位授予权单位；2007年国家教育部增列中国地质大学，西北农林科技大学为青海大学对口支援的院校，并且实现计算机专业一本招生的突破；2008年在本科教学工作水平评估中获得...并进入211工程重点建设大学行列。
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