2011年1月26日，欧洲委员会引用反竞争考虑终止了两家公司的合并。委员会指出合并会使希腊航空出现类似垄断的情形，因为他们将会控制超过90%的希腊国内航班。委员会亦指出他们相信合并可能使往来雅典的票价按年上升，现实中并没有新兴具规模航空公司出现与奥林匹克航空合并的公司抗衡票价。此外，委员华金 middot;阿穆尼亚指出对希腊人及往希腊的游客而言，合并会使票价上升及服务下降。爱琴海航空，http://en.aegeanair.com，两家公司提出补救方案减低委员会的顾虑，但委员会认为不足以保障旅客及舒缓竞争考虑。其中一个补救方案是，公司让出在希腊机场的起降时间带，但委员会认为相比以往案例，希腊机场并没有其它欧洲机场出现的拥挤问题。
爱琴海航空成立于1987年，当时称爱琴海空运（Aegean Aviation），航空公司初时是提供贵宾/商务和空中救护服务。1992年2月17日，爱琴海航空成为首家获发希腊独立民航营运牌照的航空公司。1994年被Vasilakis集团收购后，爱琴海空运购买了里尔喷射机执行雅典出发的商务航班。1999年5月底，爱琴海航空航空公司正式提供定期客运服务，同时正名为爱琴海航空。爱琴海航空首班商业航班，是由雅典往伊拉克利翁，克里特往塞萨洛尼基，马其顿，由两架全新的BAe 146飞行。在1999年爱琴海航空，收购了希腊航空。2001年3月，爱琴海航空和克罗努斯航空合并。2005年开始，与德国汉莎航空合伙，提供Miles amp; More飞行常客计划以及航班代码共享计划。2006年3月，航空公司与葡萄牙航空合作联营（航班代码共享）。2008年12月，宣布与布鲁塞尔航空合作联营。爱琴海航空是由Laskaridis集团（25.3%）、Vassilakis集团（45.2%）、B Konstantakopoulos（8.3%）、D Ioannou（8.1%）、G David（6.3%）和Piraeus Bank（5.9%）拥有。2009年，公司有约2，300名职员。爱琴海航空，http://en.aegeanair.com，2009年5月底，加入星空联盟的申请获得批准，成为星空联盟的一员。
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