航空公司枢纽机场为雅典国际机场，塞萨洛尼基马其顿国际机场，拉纳卡国际机场和伊拉克利翁尼科斯卡赞察基斯国际机场航空公司服务了5,978,083位乘客，首次越了奥林匹克航空的5,265,729位乘客，在2009年更运载了超过660万乘客当时称爱琴海空运（Aegean Aviation），航空公司初时是提供贵宾/商务和空中救护服务爱琴海航空成为首家获发希腊独立民航营运牌照的航空公司爱琴海空运购买了里尔喷射机执行雅典出发的商务航班航空公司正式提供定期客运服务，同时正名为爱琴海航空是由雅典往伊拉克利翁，克里特往塞萨洛尼基，马其顿，由两架全新的BAe 146飞行收购了希腊航空爱琴海航空和克罗努斯航空合并与德国汉莎航空合伙，提供MilesMore飞行常客计划以及航班代码共享计划航空公司与葡萄牙航空合作联营（航班代码共享）宣布与布鲁塞尔航空合作联营Vassilakis集团（45.2%），B Konstantakopoulos（8.3%），D Ioannou（8.1%），G David（6.3%）和Piraeus Bank（5.9%）拥有公司有约2,300名职员加入星空联盟的申请获得批准，成为星空联盟的一员爱琴海航空持有人讨论考虑与奥林匹克航空联营，引起外界对两家公司合并的猜测两家航空公司宣布同意进行合并，新公司将会以奥林匹克航空的名字及商标，过渡期内爱琴海航空会沿用其商标，过渡期后则改用奥林匹克航空商标但当时奥林匹克航空有意加入天合联盟指出...确保有良好的过渡期加入星空联盟网络欧洲委员会引用反竞争考虑终止了两家公司的合并因为他们将会控制超过90%的希腊国内航班现实中并没有新兴具规模航空公司出现与奥林匹克航空合并的公司抗衡票价委员华金阿穆尼亚指出对希腊人及往希腊的游客而言，合并会使票价上升及服务下降但委员会认为不足以保障旅客及舒缓竞争考虑公司让出在希腊机场的起降时间带，但委员会认为相比以往案例，希腊机场并没有其它欧洲机场出现的拥挤问题。
