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南京市六合区气象局的前身是六合县气象站，成立于1958年12月，建在龙池渔种场，1959年6月迁到南门农场，1965年1月迁至六城镇（体育路47号）；在1966年4月六合专区成立时，曾作为六合中心气象站，管辖5个县站（仪征、六合、江浦、金湖、盱眙），1971年3月撤消；1982年3月成立六合县气象局，由扬州气象局代管；1993年5月，由新成立的南京市气象局管理；2002年5月六合区成立后，更名为南京市六合区气象局。
