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经济全球化带动了世界经济的飞速发展，中国加入世界贸易组织促进了对外贸易和对外交往不断增加。进入二十一世纪，面对国际间传染病疫情、动植物疫情的严峻威胁，面对消费者关注进出口商品质量和安全、卫生的迫切要求，出入境检验检疫已经成为国家经济发展和对外交流的重要保障力量，必将在维护国家经济利益、北京出入境检验检疫局，http://www.bjciq.gov.cn，保证工农业生产安全、保护消费者权益方面发挥更为重要的作用。
为了适应加入世界贸易组织的要求，北京检验检疫局积极探索检验检疫监管方式改革，将监管工作前移到生产过程之中，抓生产源头和关键环节的管理，积极促进企业建立健全质量管理体系，提高产品质量和管理水平，加快实施出口企业分类管理和出口商品免验制度。积极帮助出口食品企业申请国外注册，接受国外官方的注册检查，先后接待了美国、欧盟、日本等国的官方注册检查，北京出入境检验检疫局使企业获得进口国的准入许可。
北京检验检疫局在拥有众多高等技术人才储备的同时还配备了高精尖的检测设备。目前，全局在用仪器设备总价值约2.2亿元人民币，共2400余台（套）。实验室拥有一批具备国际先进水平的科研和检测设备，主要包括液相色谱-线性离子阱/静电场轨道阱组合质谱联用仪、液相色谱-三重串联四级杆质谱联用仪、气相色谱-三重四级杆串联质谱联用仪等；此外，还在首都国际机场、西客站装备了红外体温监测仪、行李检查X光机、核生化检测仪、通道式车辆核辐射监测系统、通道式行人核辐射监测系统、车载流动式核辐射系统等；在国际旅行保健中心装备了全套人员健康体检设备，主要包括全自动生化分析仪、全自动生化免疫检测仪、流式细胞仪、彩色超声诊断仪、全自动血球仪等。
北京检验检疫局始终坚持 “科技兴检 ”战略，以提高行政执法把关能力为目标，以服务检验检疫工作为着力点，以增强自主创新能力为抓手，紧扣检验检疫事业发展需求，努力探索建立北京检验检疫科技发展新机制。结合国际科技前沿技术发展情况，北京出入境检验检疫局，http://www.bjciq.gov.cn，以前瞻性、突破性和带动性强的重大科研项目为基础，建立了一批实用、有效的检测方法，打造了荧光定量PCR、生物芯片和纳米检测三大技术平台，为检验检疫行政执法提供强大的技术支持，为服务首都经济社会发展提供了强有力的技术保障。2001年至2010年，北京检验检疫局主持国家级科研计划项目11项，主持国家质检总局科研计划项目123项，主持北京市科委科研计划项目6项，主持国家质检公益性项目3项；主持制订国家标准51项，主持制定检验检疫行业标准147项。此外，还结合科研工作的需要，建立了博士后工作站，开展专项课题攻关。
北京检验检疫局机关内设17个处室，主要业务处有：通关业务处、北京出入境检验检疫局；卫生检疫监管处、动植物检疫监管处、食品安全监管处、检验监管处、认证监管处、风险管理处、稽查处，并根据工作需要分别设立了首都机场出入境检验检疫局、丰台出入境检验检疫局、北京经济技术开发区出入境检验检疫局、顺义出入境检验检疫局、通州出入境检验检疫局、海淀出入境检验检疫局、北京西站出入境检验检疫局、朝阳口岸办事处、国际展览检验检疫办事处、平谷办事处和天竺综合保税区办事处。下属的检验检疫技术中心、国际旅行卫生保健中心、机关服务中心、动物隔离场、北京市检验检疫科学研究院等技术检测和服务单位，配合行政执法的需要，形成了全方位的出入境检验检疫监督管理体系。
北京检验检疫局成立于1999年8月10日，系根据国务院机构改革方案，由原北京卫生检疫局、北京动植物检疫局和北京进出口商品检验局合并组建而成。北京检验检疫局依照《中华人民共和国进出口商品检验法》及其《实施条例》、北京出入境检验检疫局，http://www.bjciq.gov.cn！《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及其《实施条例》、《中华人民共和国国境卫生检疫法》及其《实施细则》、《中华人民共和国食品安全法》及《实施条例》、《中华人民共和国认证认可条例》、《国务院关于加强食品等产品安全监督管理的特别规定》、《北京市食品安全条例》，负责北京地区出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验、鉴定、认证和监督管理工作。
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